燃油滤清器有柴油滤清器、汽油滤清器和天然气滤清器三类。其作用是滤除发动机燃油气系统中的有害颗粒和水份，以保护油泵油嘴、缸套、活塞环等，减少磨损，避免堵塞。
柴油滤清器的结构大致与机油滤清器相同，有可换式和旋装式两种。但其承受的工作压力和耐油温要求较机油滤清器低得多，而其过滤效率的要求却比机油滤清器高得多。柴油滤清器的滤芯多采用滤纸，也有采用毛毡或高分子材料的。柴油滤清器除过滤柴油中的机械杂质外，还有一个重要的功能就是滤水。水的存在对于柴油机供油系统危害极大，锈蚀、磨损、卡死甚至会恶化柴油的燃烧过程。柴油滤清系统的除水方式主要是沉淀。或是在滤清器的下部设一沉淀腔，或是采用专门的沉淀器。无论是滤清器下部的沉淀腔，还是专门的沉淀器都设有放水阀，当水积聚到一定量时开阀放水。
汽油滤清器有化油器式和电喷式之分，使用化油器的汽油发动机，汽油滤清器位于输油泵进口一侧，工作压力较小，一般采用尼龙外壳，电喷式发动机的汽油滤清器位于输油泵的出口一侧，工作压力较高，通常采用金属外壳。汽油滤清器的滤芯多采用滤纸，也有使用尼龙布、高分子材料的。
滤清器相关行业标准
JB-T 5088-1991 旋装式机油滤清器 技术条件
GB 2783-81 分流离心式机油滤清器总成技术条件
GB 10825-89 柴油机 柴油滤清器试验方法
GB 2781-81 分流离心式机油滤清器参数系列
CB 1398-2008 舰船用滑油、燃油滤清器规范
QC/T 230-1997 摩托车和轻便摩托车空气滤清器技术条件
QC/T 48-1992 汽车汽油滤清器
ISO 5011 内燃机和空气压缩机用进气空气滤清器——性能试验